医用真空负压站在使用过程中，总会出现一些问题：
(1)真空泵选择不当。真空泵为国产SK-6水环式真空泵，该泵选用盘根填料式密封方法，在真空泵每天多次启动后，会出现密封不严、漏水严重致使抽气压力降低的问题，造成真空泵每次的系统运行时间增加，同时增加了耗电量。
(2)真空泵进气系统设计不完善。因为北方水质硬，系统运行多年后冷却循环水返流，重复多次造成充气电磁阀阀芯附着水垢及颗粒杂质，致使充气电磁阀关闭不严而使系统运行故障增多。
(3)气水分离器安装不合理。为确保冷却循环水控制在25~35℃，原系统选用不间断补水排放的方法，经测算每天平均耗水量高达13吨以上，造成用水量增加。
(4)冷却水循环系统安装不标准。冷却水循环体系连接管径小，水流速度低、真空泵供水量小，导致负压系统冷却循环水温常常超高，水温最高可达65℃，并且也进一步构成水系统中钙、镁离子的结垢现象，真空泵抽吸能力大幅降低，形成恶性循环。
(5)控制系统设计过于简单。系统中只有双泵交替自动运行模式，没有单泵自动控制运行模式，一旦运行中有一单泵出现故障检修，整个负压系统都不能正常运行。
(6)电接点真空压力表控制电压不合理。选用交流电220V为电接点控制电压，真空压力表经系统运行3~4月后，其电接触点因接触电弧积炭而构成接触不良，致使负压系统报警、故障明显增多。